De nachten van de pest vindt plaats op het eiland Minger, in de 29ste provincie van het Ottomaanse Rijk, tijdens de derde pestepidemie in 1901. De moslims en christenen op het eiland beschuldigen elkaar van de uitbraak van de ziekte. Wanneer sultan Abdülhamit samen met Engeland en Frankrijk besluit het eiland te isoleren om verdere verspreiding te voorkomen, staan de eilandbewoners er alleen voor. Wel stuurt de sultan zijn geliefde gezondheidsinspecteur Bonkowski Pasha om meer te weten te komen over de epidemie. Wanneer korte tijd later Pasha’s dode lichaam wordt gevonden, is het onduidelijk of het een willekeurige moord betreft, of dat deze daad onderdeel is van een groter plan. De sultan vraagt zijn nichtje en haar echtgenoot, de jonge, veelbelovende dokter Nuri, om naar het eiland te gaan om dit uit te zoeken.
In De nachten van de pest beschrijft Orhan Pamuk niet alleen hoe de epidemie en quarantaine de levens van de eilandbewoners verstoren, maar hij schrijft ook op onnavolgbare wijze over nationalisme en romantiek en over de eeuwige tegenstellingen tussen het Oosten en het Westen.